Il fondo Manoscritti trae origine dalla soppressione degli ordini religiosi avvenuta in epoca giuseppina e napoleonica: tra la fine del Settecento e l'inizio dell'Ottocento confluirono in Biblioteca le più importanti raccolte librarie monastiche di Mantova e provincia. Tra i principali nuclei di codici così acquisiti si segnala quello proveniente da S. Benedetto in Polirone in seguito alla soppressione del 1797, che per importanza testuale, iconografica e documentaria rappresenta il più pregevole fondo manoscritto. Consta di 385 codici, dei quali oltre 100 risalgono ai secoli XI-XII.
L’indicizzazione è limitata soltanto ad alcuni elementi identificativi essenziali. Per la catalogazione esaustiva del contenuto testuale dei codici, comprensiva dell'apparato illustrativo, si rimanda a: